論理ブロックの配置を行い，配線領域を用いて論理ブロック間の接続を行う処理をいいます．配置配線を行うソフトウェアのプログラムやシーケンスをフィッタと呼ぶこともあります．タイミング制約を与えることにより，ソフトウェアがこの制約を考慮しながら配置配線を行います．近年ではFPGA のデバイス・アーキテクチャや配置配線ソフトウェアの改善により，ゲート使用率が90 ％を超える場合でも配置配線できるようになってきています．